El Biobanco Vasco, O+Ehun, colabora en un estudio genético poblacional publicado en Human Genetics

12/05/10

Un estudio genético a gran escala confirma que los vascos constituyen un grupo homogéneo distinguible del resto de poblaciones europeas.

– El proyecto, impulsado por un consorcio formado por CIC bioGUNE, la Universidad del País Vasco y el Biobanco vasco, ha sido publicado en la prestigiosa revista Human Genetics.
– Se han utilizado un total de 60.000 marcadores genéticos de 240 ciudadanos europeos, de los que 83 son vasco-españoles y 24 vasco-franceses.
– Representa el primer estudio de genética poblacional a gran escala realizado sobre la población vasco-española y vasco-francesa.

(Bilbao, xxx de mayo de 2010).- Un nuevo estudio de genética poblacional coordinado por el Centro de Investigación Cooperativa en Biociencias, CIC bioGUNE, confirma que la población autóctona vasca, diseminada tanto en las provincias españolas como en el País Vasco francés, constituye un grupo genéticamente homogéneo claramente distinguible del resto de poblaciones europeas, según publica la prestigiosa revista Human Genetics.
El estudio ha sido realizado por un consorcio formado por CIC bioGUNE, el Departamento de Genética, Antropología Física y Fisiología Animal de la Universidad del País Vasco (UPV/EHU) y el Biobanco Vasco para la Investigación (O+Ehun) de la Fundación BIO.
Este proyecto, iniciado en el año 2005 con la colección de muestras, es el primer estudio poblacional realizado a gran escala en el que se incluyen datos genéticos individuales de ciudadanos vascos radicados en territorio español y francés. En este sentido, se han analizado un total de 60.000 marcadores genéticos de 240 ciudadanos europeos, de los que 83 son vasco-españoles (22 de cada territorio de la Comunidad Autónoma Vasca, Alava, Bizkaia y Gipuzkoa; y 17 de la Comunidad Foral de Navarra), y 24 vasco-franceses. Los restantes 133 ciudadanos son originarios de diferentes poblaciones europeas (Francia, Norte de Italia, Toscana, Islas Orcadas –Escocia-, Cerdeña, Rusia, República de Adiguesia –Rusia-).
Los datos genéticos de las poblaciones europeas provienen de la base de datos del panel de Diversidad del Genoma Humano HGDP – CEPH, de la Fundación Jean Dausset, mientras que la recogida de muestras y la obtención de los datos genéticos de los ciudadanos vasco-españoles se han realizado específicamente para este estudio y para que puedan estar disponibles para análisis posteriores.
Las muestras de los ciudadanos vasco-españoles caracterizadas en el presente estudio forman parte de la colección del Biobanco Vasco (O+Ehun).
 Selección de muestras
Los criterios de selección de la base poblacional para el presente estudio han seguido un curso muy estricto. Para cada individuo que daba su consentimiento informado de participación se debía corroborar (vía registro civil o eclesiástico) que sus tres generaciones anteriores –padres, abuelos y bisabuelos- hubieran nacido en la misma provincia.
Así, también se debía acreditar que las personas seleccionadas no padecían enfermedad alguna, es decir, estaban sanas, para lo que se hicieron los pertinentes análisis bioquímicos básicos de sangre (niveles de colesterol, transaminasas, etc.) de todas las muestras que se obtuvieron. También se recogieron muestras de los padres de las personas seleccionadas en los casos en que fue factible. De las 200 muestras de vascos que se recogieron inicialmente, el estudio genético se redujo a la caracterización de 83, que ha sido la base definitiva sobre la que ha realizado esta investigación.
Todos los individuos que cumplían los criterios establecidos donaron al estudio 15 mililitros de sangre, de los que se aislaron por un lado ácido desoxirribonucleico (DNA) y por otro linfocitos, como fuente inagotable de DNA. Todas las muestras están disponibles para cualquier investigador que las solicite para otros estudios científicos específicos, siempre y cuando los objetivos de su utilización pasen el proceso de revisión y control de los comités científico y ético de la Fundación BIO.
“Este proyecto ha requerido mucho esfuerzo de coordinación, tanto para el reclutamiento de muestras como para la correcta interacción de grupos con muy distinto background, ya que, además de la participación de los grupos colaboradores (BIOEF, UPV-EHU y CIC bioGUNE), se subcontrataron ciertos servicios a varias empresas privadas. A pesar de todos los retos a los que nos hemos enfrentado, es una satisfacción poder presentar un estudio tan robusto”, afirma Ana María Aransay, coordinadora del Proyecto y responsable de la Plataforma de Análisis de Genomas de CIC bioGUNE.
 Información combinada de miles de variantes genéticas

Un SNP (del inglés, Single Nucleotide Polymorphism) es una variación que ocurre cuando un único nucleótido (A, T, G o C), en una posición concreta del genoma, difiere entre miembros de la misma especie. Se considera que existen unos 10 millones de SNPs distribuidos en los 3.000 millones de nucleótidos que componen el genoma humano. Así, incluso los individuos de la misma población pueden tener diferentes nucleótidos en la misma posición. Aunque variables, los SNPs son relativamente estables durante el curso de la evolución, es decir, no cambian mucho de generación en generación, lo cual los hace muy valiosos como marcadores genéticos para estudios poblacionales. Para éstos, se usan generalmente las divergencias en las frecuencias alélicas, es decir, la proporción de un determinado nucleótido en cada SNP para cada población.

En el presente estudio, se han analizado un total de 60.000 SNPs repartidos a lo largo de todo el genoma de 240 individuos europeos, de los cuales 83 son vascos de provincias españolas y 24 son vasco-franceses. Para cada población, se han medido las frecuencias alélicas para cada uno de los SNPs y se han comparado. A modo de ejemplo, en un determinado SNP se puede observar que en los vascos predomina el nucleótido A (con frecuencia alélica del 60%) y que en las demás poblaciones predomina el nucleótido C (con frecuencia alélica del 80%).

Estos cálculos se realizan para cada SNP utilizando herramientas bioinformáticas capaces de analizar millones de datos simultáneamente.

Cabe destacar que las diferencias en las frecuencias alélicas de un único SNP no aportan información alguna por sí solas; sin embargo, el análisis combinado de un gran número de SNPs (60.000 en este caso) tiene un gran poder resolutivo a la hora de determinar la diferenciación genética de las poblaciones.

– Población aislada
El estudio no concluye que los vascos son una población particularmente diferente con respecto al resto de poblaciones aisladas españolas; sólo indica que la población vasca ha estado históricamente aislada, ha sido muy endogámica, y no se ha relacionado con otras poblaciones europeas, lo que tiene su derivación en términos genéticos. Casos similares se pueden dar en comunidades que históricamente han podido vivir en un contexto similar en otras zonas de España o Europa.
“El estudio en cuestión no plantea que exista ninguna ‘particularidad’ genética especial en la población vasca comparándola con otras regiones, ya que los vascos pueden ser tan ‘particulares’ genéticamente hablando como lo son los sardos, los orcadianos, los rusos, etc.”, afirma Naiara Rodríguez-Ezpeleta, investigadora de CIC bioGUNE que ha participado en el estudio.

“Lo que se concluye es que los vascos son tan diferentes del resto de poblaciones europeas como lo son aquellas poblaciones europeas consideradas aisladas; es decir, que Europa se divide en grupos y uno de estos grupos son los vascos”, opina Rodríguez-Ezpeleta.

Las conclusiones de este estudio están en clara disonancia con otro estudio publicado recientemente en la misma revista científica, Human Genetics, y realizada por un grupo de investigación de la Universidad Pompeu Fabra de Cataluña (Laayouni et al. Hum Genet 2010).
Según dicho estudio los vascos de las provincias españolas se parecen más a los individuos del resto de provincias españolas que a los vasco-franceses y, así también, los vasco-franceses se parecen más al resto de europeos que a los vascos de las provincias españolas. Además, destacan que los vascos-españoles no se diferencian particularmente del resto de las provincias españolas, es decir, que la distancia genética entre los vascos y las demás provincias no es mayor que la distancia que se observa entre los demás pares de provincias.
El estudio realizado por el consorcio vasco de investigación, sin embargo, invierte los términos y confirma científicamente que la población vasca (española y francesa) constituye un grupo genéticamente homogéneo claramente distinguible del resto de las poblaciones europeas.
Los investigadores que han liderado este nuevo estudio no ocultan la sorpresa que les generó conocer las conclusiones de sus colegas de Cataluña porque, en su opinión, no se correspondían con las evidencias científicas reconocidas por la propia comunidad científica. En este sentido, interpretan que los resultados de los investigadores catalanes se deben a que en el análisis realizado se utilizan datos genéticos derivados de la media de un grupo de individuos y no de cada individuo, lo cual ofrece un resultado menos fiable, y, por otro lado, que utilizan sólo 109 marcadores genéticos frente a los 60.000 que se han utilizado en este último estudio.
Es decir, “ellos han hecho su estudio con más marcadores que nosotros pero con el genotipado grupal. De los 240.000 marcadores utilizados seleccionaron 109, los cuales sí fueron tratados individualmente. Tienen un número muy considerable de marcadores pero el genotipado está hecho de forma grupal y no individual, lo que impide tener la precisión de nuestro estudio de genotipado, que ha sido realizado de forma individualizada”, concluye Rodríguez-Ezpeleta.